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宅父失踪后，小宅根据宅父留下的时光机设计图想设计时光机，努力了很多次后，才发现做好的时光机只能穿越到时光机存在的时候。

超人们告别了小宅从过去回到现在，继续守护星星球。然而现在的星星球有更大的危机等着他们：司令寄给大怪一个神奇的披风，能拿出很多道具增强怪兽的能力，好让大大怪和小小怪更容易侵略星星球！为了应付这个危机，超

莉莎博士科研团队研制出一种新型时光穿梭机，她给酷杰三人一个崭新的任务，那就是穿梭时空去古生物时代实地考察恐龙，并采集几十种恐龙的基因回来，这对研究生物的演化以及对现代动物的物种保护都有非常重要的意义。

酷杰、安娜、糊涂蔡在小机器人的帮助下一起复原植物残本，并整理出一套全新的电子版的《植物图文大全》。他们在地球各地寻找各种不同稀有植物、名贵植物、濒危植物等等。

本片讲述了未来世界，星际联盟的科学家诸葛博士利用基因技术复活史前动物，在地球上建立史前动物馆。但此馆各种功能尚未完善，史前动物一时也无法完全适应，出现各种麻烦，酷杰、糊涂蔡、安娜负责解决这些麻烦。